Sejak tahun 2005 lalu, Indonesia membuat terobosan baru dalam pengelolaan keuangan Negara yaitu dengan diterbitkannya Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum. Menurut PP tersebut, yang dimaksud dengan Badan Layanan Umum (BLU) adalah instansi di lingkungan Pemerintah yang dibentuk untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan barang dan/atau jasa yang dijual tanpa mengutamakan mencari keuntungan dan dalam melakukan kegiatannya didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitas.
BLU melakukan pengelolaan keuangannya berdasarkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK-BLU) yaitu pola pengelolaan keuangan yang memberikan fleksibilitas berupa keleluasaan untuk menerapkan praktik-praktik bisnis yang sehat untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dalam rangka memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa, sebagaimana diatur dalam PP tersebut, sebagai pengecualian dari ketentuan pengelolaan keuangan Negara pada umumnya.
UIN Syarif Hidayatullah merupakan satuan kerja di bawah Kementerian Agama yang sudah menerapkan PPK-BLU dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Keuangan (KMK) Republik Indonesia Nomor 42/KMK.05/2008 tanggal 26 Pebruari 2008. Dengan diterbitkannya KMK tersebut UIN Syarif Hidayatullah memiliki fleksibilitas dalam menerapkan praktik-praktik bisnis yang sehat untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat. Dengan adanya fleksibilitas tersebut, sesuai dengan amanat Pasal 35 PP No 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum, maka BLU UIN Syarif Hidayatullah Jakarta diwajibkan melakukan pemeriksaan intern BLU. Pemeriksaan tersebut dilaksanakan oleh Satuan Pemeriksa Intern yang merupakan unit kerja yang berkedudukan langsung di bawah pemimpin BLU.
Dalam rangka mewujudkan sistem pengelolaan keuangan negara yang transparan, akuntabel dan terukur, diperlukan suatu sistem pengendalian intern yang dapat memberikan keyakinan yang memadai atas tercapainya tujuan instansi secara efektif dan efisien, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan yang berlaku. Maka, Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah diterbitkan sebagai amanah dari reformasi di bidang keuangan negara.
Seiring dengan terbitnya peraturan tersebut, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta membentuk Satuan Pemeriksa Intern (SPI) dengan berdasarkan SK Rektor Nomor 161 Tahun 2008. Pada saat itu SPI yang dimaksud masih bernama Lembaga Pengendali Keuangan (LPK). Seiring dengan telah diberlakukannya Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 6 Tahun 2013 Tentang Organisasi dan Tata Kerja (ortaker) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dan sebagai wujud implementasi PP No 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum, maka nama LPK kemudian berganti dengan Satuan Pemeriksa Intern (SPI). Berdasarkan ortaker, SPI merupakan organ pengawasan mempunyai tugas melaksanakan pengawasan, pengendalian, evaluasi dan audit di bidang keuangan dan kinerja universitas.
Hingga 2016 ini sudah terdapat 2x periode kepemimpinan di SPI UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Pada periode LPK hingga SPI Tahun 2015, SPI UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dipimpin oleh Abdul Hamid Cebba sebagai Kepala, dan Wilda Farah sebagai Sekretaris. Nama-nama personil pada saat itu antara lain Soliyah Wulandari (sekarang SPI IAIN SMH Banten), Yayu Putri Senjani (Sekarang SPI UIN Suka Jogja), Yusar Sagara (Dosen FEB), Yuli Rakhmawati, Mulyono, Nurwachidah Yulianti, Rikawati, Ahmad Afandi, Rezky Mehta Setiadi, Aries Putriyani, Husnul Khotimah, Rahayu Suminarni, Yudi Setiadi, Chumairoh, Endang Mariyani, Taufik Hidayat, dan Ady Cahyadi. Periode selanjutnya, 2015 hingga sekarang ini SPI UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dipimpin oleh Achmad Tjachja Nugraha sebagai Kepala dan Ady Cahyadi sebagai Sekretaris, dengan beberapa personil yang sama antara lain Ahmad Afandi, Rezky Mehta, Rikawati, Aries Putriyani, Husnul Khotimah, Rahayu Suminarni, Yudi Setiadi dan Chumairoh. Selebihnya beralih menjadi hanya dosen di FEB, beralih menjadi PNS di Kemenkeu (DJP), atau pindah tugas ke IAIN/UIN lainnya.
